watir と watir-webdriver 違いはComparison with watir 1.x - watir-webdriver - GitHubにリストアップされていますが、ここにリストアップされていないもので大きな点というと、autoit を扱えなくなったという点があります。autoit は windows でのみ動作しない機能ですし、マルチプラットフォーム化している webdriver では当たり前と言えば当たり前ですが。
ここで困るのは javascript のポップアップなどの処理です。watir 1.x には WinClicker などのツールもありましたが、watir-webdriver ではそうした OS 依存の機能は現在のところありません（私は日本語のメニューの処理などがあったので WinClicker を使用せずに、autoit で処理していました）。
そこで watir-webdriver ではexecute_script のメソッドを使用して、javascript を回避する方法が紹介されています。execute_script は（詳しくは理解できていませんが）表示しているページで使用している javascript を上書きして実行することができるメソッドです。
そしてTesting webpages with JavaScript popups correctlyでは、それを簡単に実行するためのメソッドを紹介しています。使い方はこんな感じ。
require 'rubygems'
require 'watir-webdriver'
require 'watir-webdriver/extensions/alerts'
browser = Watir::Webdriver.new
browser.confirm(true) do
browser.link.click
end
watir-webdriver/extensions/alerts は拡張機能（extension）という位置づけであるため、watir-webdriver とは別に require する必要があります。
上記の場合では、リンクをクリックすると Javascript で confirmation のメッセージを表示されるような場合に、メッセージが表示されることなく「ok」の状態で次の状態に進みます。これで Javascript のメッセージは回避することができます。Javscript をオーバーライドして回避するので、（素のままのアプリケーションをテストするわけではないので）完璧なテストとは言えないかもしれませんが、そのへんはわりきって。
あと蛇足ですが、watir-webdriver では、link のメソッドなど elment 関連のメソッドに引数を与えない場合は、はじめの link エレメントを実行します（watir 1.x で言うと link(:index,1) と同じ動作になる）。
autoit を使用して処理していたものとして、BASIC 認証のハンドリングなんかもあるんですが、今のところ watir-webdriver での回避方法はわかっておりません。