Watir を Windows Vista の IE 7 で実行する場合は、「保護モード」を何とかする必要がある。これが有効になっていると、Watir で起動した IE に対して処理を指令できなくなる。たとえば、Watir::IE.new したあとに、goto メソッド（内部で navigate メソッドを使用）を実行すると、new したブラウザではなく、別ブラウザが立ち上がって goto で指定した URL に移動してしまう。
「保護モード」は、インターネットオプションのセキュリティタブにある「保護モードを有効にする」のチェックボックスをオフにすることで無効にすることができる。他の方法で保護モードの状態を変更できるかしれないけれど、そこまで調べてない。詳しくは保護モードの Internet Explorer の理解と機能あたりをどうぞ。