WatirをWindows VistaのIE 7で実行する場合は、「保護モード」を何とかする必要がある。これが有効になっていると、Watirで起動したIEに対して処理を指令できなくなる。たとえば、Watir::IE.newしたあとに、gotoメソッド（内部でnavigateメソッドを使用）を実行すると、newしたブラウザではなく、別ブラウザが立ち上がってgotoで指定したURLに移動してしまう。
「保護モード」は、インターネットオプションのセキュリティタブにある「保護モードを有効にする」のチェックボックスをオフにすることで無効にすることができる。他の方法で保護モードの状態を変更できるかしれないけれど、そこまで調べてない。詳しくは保護モードの Internet Explorer の理解と機能あたりをどうぞ。